2004年7月，经市政府批准，在深圳公共交通行业按照“坚持一张卡，一个标准，一个公司运营”的原则，坚持市场化导向，组建了深圳市深圳通有限公司。公司成立于2004年12月13日，注册资本1亿元人民币，股东单位为深铁集团、巴士集团和深圳深港集团。
公司负责深圳通支付相关产品（卡、码等）的发行管理、系统运维、清分结算等服务，以及相关的技术研发、信息咨询、互联网产品开发运营及数据分析应用。
近年来，深圳通公司紧抓“湾区一体化”“碳达峰、碳中和”等重大战略机遇，坚持“外拓业务、自强内功、互通互联、共享多赢”的工作思路，积极履行社会责任，深入挖掘经营潜力，提供覆盖湾区的无差别均等化出行支付服务，打造绿色深圳通，落地“碳普惠”项目，建设自有商城平台，推动深圳公共交通高质量发展，便利广大市民出行，为深圳“双区”建设、“双改”示范贡献交通力量，为交通强国提供“深圳样本”。