《史記·儒林列傳》記載：「及至秦之季世，焚詩書、坑術士」。
在焚書之後的第二年，即公元前212年，兩名為始皇煉製長生不老之藥的術士侯生、盧生煉藥未果，據說後來更散佈許多對始皇不利、甚至誹謗的言論。始皇大怒，下令逮捕嚴辦[3]。涉案者在審理時則向外指控誹謗始皇言論的來源，前後指控出四百六十餘人；秦始皇在盛怒中下令，將涉案者四百六十餘名坑殺在咸陽。
《史記·秦始皇本紀》記載，扶蘇向始皇進諫「諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安」；秦始皇怒，讓扶蘇去北方上郡（蒙恬駐軍所在）擔任監軍。[4]
「坑儒」一詞出處是西漢孔安國（孔子十二世孫）《〈尚書〉序》（這篇序有人懷疑是魏晉時期儒生鄭沖偽造。）：「及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士逃難解散。」在此之前《史記·儒林列傳》的說法是「及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉」。有部分學者依《儒林列傳》記載「及至秦之季世，焚詩書、坑術士」，認為遭坑殺者的確不是儒生、而是當時涉案的術士。有評論認為當時之術士與儒生相等，也有指當時儒生多兼任術士的說法。支持「坑儒」提法的學者認為由《史記·秦始皇本紀》中記載的始皇長子扶蘇的話「諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之」可知，秦始皇所坑掉的「諸生」中，固然有一部分術士，但大多數是「誦法孔子」的儒生。[5]而反對「坑儒」提法的學者認為這是扶蘇求情之話，無法用來證明秦始皇坑殺的是儒生，他們認為「焚書坑儒」並未廢除儒學，儒家學說在焚書之後仍然存在。
漢學家烏爾里希·內因格爾曾發表文章，認為焚書次年秦始皇未曾集中殺害一批士人，所謂坑儒純系傳說，並非史實。[6]《劍橋中國秦漢史》採信了其觀點。[來源請求]2010年李開元發表文章提出了坑儒的四個疑點，認為司馬遷錯誤使用了史料。[7] 但是，中國學者的態度基本一致，都認為《史記》記載是可靠的。[8]